Τα ευρήματα των ανασκαφών εκτίθενται εδώ, αντικείμενα τέχνης και καθημερινής ζωής, από την προϊστορική εποχή έως τα πρώτα βυζαντινά χρόνια (4η χιλιετία π.Χ. – 6ο αι. Μ.Χ.). Το μουσείο στεγάζεται στο παλιό εμπορικό σχολείο (χτισμένο τον 17ο αιώνα), μέσα στην περιοχή του Κάστρου.
Αρχαιολογικός χώρος Γρόττας
Κάτω από το Σπήλαιο της Μητρόπολης, ανασκαφές αποκάλυψαν μέρος της μυκηναϊκής πρωτεύουσας της Νάξου (1300 π.Χ.). Ο ιστότοπος έχει συμμορφωθεί κατάλληλα και είναι πλέον ανοικτός στο κοινό.
Πορτάρα: Το ορόσημο της Νάξου
Χτισμένο στο νησάκι “Παλατία”, στο βόρειο άκρο του λιμανιού, η Πορτάρα είναι η κολοσσιαία και μαγευτική πύλη ενός ναού αφιερωμένου στον θεό Απόλλωνα. Χτισμένο τον 6ο αιώνα π.Χ., υπό την κυριαρχία του τυράννου Λυγδάμη, όταν η Νάξος ήταν ένα σημαντικό ναυτικό, εμπορικό και πολιτιστικό κέντρο.
Το κάστρο
Ένα εντυπωσιακό μνημείο που προέρχεται από τη μεγάλη βενετσιάνικη κυριαρχία (1204 – 1537). Βρίσκεται στο λόφο που αποτελεί τη φυσική ακρόπολη της πόλης.
Κούρος (Φλεριό)
Στο Φλεριό, κοντά στο χωριό Μελάνες, σε μια καταπράσινη κοιλάδα, βρίσκεται ένας Κούρος, ένα ημιτελές άγαλμα ενός άνδρα, στην ακριβή θέση που είχε εγκαταλείψει οι αρχαίοι γλύπτες. Το άγαλμα έχει υπερφυσικό μέγεθος (6,4 μέτρα) και είναι γλυπτό τον 7ο αιώνα π.Χ.
Κούρος (Απόλλωνα)
Σε κοντινή απόσταση από το χωριό του Απόλλωνα, βρίσκεται στο έδαφος ένας ημιτελής Κούρος (άγαλμα ενός άνδρα), από τον οποίο δεν είχε ποτέ ανεγερθεί. Το άγαλμα έχει ύψος 10,45 μέτρα και πιστεύεται ότι έχει σμιλευτεί στις αρχές του 6ου αιώνα π.Χ.
Παναγία Πρωτόθρονη (Μαντόνα)
Η εκκλησία της Παναγίας της Πρωτόθρονης (9ος-10ος αιώνας), στο χωριό Χαλκί της Τραγαίας, είναι η μεγαλύτερη βυζαντινή εκκλησία της Νάξου. Η εκκλησία έχει μεγάλο ενδιαφέρον λόγω των εναλλακτικών στρωμάτων των τοιχογραφιών της. Είναι ακόμα σε λειτουργία, από τα πρώτα χριστιανικά χρόνια μέχρι σήμερα.